MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 chromosome

Total Repeats: 68935

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010079	ACT	2	6	1	6	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010079	T	7	7	13	19	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010079	ATT	2	6	152	157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010079	AC	3	6	261	266	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_010079	TG	3	6	334	339	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010079	GTC	2	6	345	350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010079	ATTT	2	8	371	378	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010079	TAA	2	6	411	416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010079	TTA	2	6	442	447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010079	ATT	2	6	459	464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010079	GT	3	6	471	476	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010079	AAGA	2	8	524	531	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010079	TAT	2	6	668	673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
14	NC_010079	CAA	2	6	706	711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508267
15	NC_010079	TGT	2	6	744	749	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508267
16	NC_010079	TAC	2	6	777	782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508267
17	NC_010079	GAA	2	6	784	789	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
18	NC_010079	TAA	2	6	804	809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508267
19	NC_010079	ACA	2	6	832	837	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508267
20	NC_010079	AAC	2	6	852	857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508267
21	NC_010079	AG	3	6	880	885	50 %	0 %	50 %	0 %	161508267
22	NC_010079	ATT	2	6	996	1001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
23	NC_010079	ATGC	2	8	1039	1046	25 %	25 %	25 %	25 %	161508267
24	NC_010079	TCA	2	6	1053	1058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508267
25	NC_010079	ATA	2	6	1067	1072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508267
26	NC_010079	TTA	2	6	1124	1129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
27	NC_010079	TTA	2	6	1189	1194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
28	NC_010079	GAT	2	6	1198	1203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508267
29	NC_010079	AAG	2	6	1235	1240	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
30	NC_010079	ACC	2	6	1305	1310	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161508267
31	NC_010079	AGA	2	6	1329	1334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
32	NC_010079	TTG	2	6	1367	1372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508267
33	NC_010079	CCA	2	6	1381	1386	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161508267
34	NC_010079	AGA	2	6	1415	1420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
35	NC_010079	GAA	3	9	1426	1434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
36	NC_010079	CCA	2	6	1447	1452	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161508267
37	NC_010079	TA	3	6	1465	1470	50 %	50 %	0 %	0 %	161508267
38	NC_010079	CAAAT	2	10	1472	1481	60 %	20 %	0 %	20 %	161508267
39	NC_010079	ATT	2	6	1539	1544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
40	NC_010079	CTG	2	6	1571	1576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508267
41	NC_010079	A	6	6	1637	1642	100 %	0 %	0 %	0 %	161508267
42	NC_010079	A	7	7	1686	1692	100 %	0 %	0 %	0 %	161508267
43	NC_010079	AG	3	6	1741	1746	50 %	0 %	50 %	0 %	161508267
44	NC_010079	GAA	2	6	1777	1782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
45	NC_010079	TGG	2	6	1785	1790	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508267
46	NC_010079	TCAT	2	8	1808	1815	25 %	50 %	0 %	25 %	161508267
47	NC_010079	A	6	6	1823	1828	100 %	0 %	0 %	0 %	161508267
48	NC_010079	AGA	2	6	1845	1850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
49	NC_010079	AAG	2	6	1865	1870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
50	NC_010079	TA	3	6	1934	1939	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010079	T	6	6	1962	1967	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010079	AC	3	6	2034	2039	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010079	CCA	2	6	2098	2103	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_010079	CTA	3	9	2115	2123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010079	TA	3	6	2143	2148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010079	TA	4	8	2151	2158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010079	TAAT	2	8	2177	2184	50 %	50 %	0 %	0 %	161508268
58	NC_010079	ATT	2	6	2208	2213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
59	NC_010079	TTA	2	6	2214	2219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
60	NC_010079	AAC	2	6	2257	2262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508268
61	NC_010079	AGT	2	6	2407	2412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
62	NC_010079	TTG	2	6	2430	2435	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508268
63	NC_010079	A	7	7	2443	2449	100 %	0 %	0 %	0 %	161508268
64	NC_010079	ATTA	2	8	2497	2504	50 %	50 %	0 %	0 %	161508268
65	NC_010079	AATTT	2	10	2520	2529	40 %	60 %	0 %	0 %	161508268
66	NC_010079	TTA	2	6	2558	2563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
67	NC_010079	CAATT	2	10	2586	2595	40 %	40 %	0 %	20 %	161508268
68	NC_010079	CAAA	2	8	2627	2634	75 %	0 %	0 %	25 %	161508268
69	NC_010079	GACT	2	8	2719	2726	25 %	25 %	25 %	25 %	161508268
70	NC_010079	AGA	2	6	2758	2763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508268
71	NC_010079	TCA	2	6	2784	2789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508268
72	NC_010079	TAAA	2	8	2814	2821	75 %	25 %	0 %	0 %	161508268
73	NC_010079	GAA	2	6	2837	2842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508268
74	NC_010079	TCT	2	6	2853	2858	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161508268
75	NC_010079	TTTA	2	8	2875	2882	25 %	75 %	0 %	0 %	161508268
76	NC_010079	ATT	2	6	2911	2916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
77	NC_010079	ACA	2	6	2936	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508268
78	NC_010079	AAATT	2	10	2964	2973	60 %	40 %	0 %	0 %	161508268
79	NC_010079	TTA	2	6	3020	3025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
80	NC_010079	GGT	2	6	3035	3040	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508268
81	NC_010079	TTA	2	6	3048	3053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
82	NC_010079	TGA	2	6	3067	3072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
83	NC_010079	GTT	2	6	3074	3079	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508268
84	NC_010079	TCT	2	6	3086	3091	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161508268
85	NC_010079	AGA	2	6	3118	3123	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508268
86	NC_010079	GGT	2	6	3146	3151	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508268
87	NC_010079	TTCA	2	8	3163	3170	25 %	50 %	0 %	25 %	161508268
88	NC_010079	AT	3	6	3178	3183	50 %	50 %	0 %	0 %	161508268
89	NC_010079	GATG	2	8	3184	3191	25 %	25 %	50 %	0 %	161508268
90	NC_010079	ATG	2	6	3210	3215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
91	NC_010079	GTTGAA	2	12	3218	3229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
92	NC_010079	TTC	2	6	3230	3235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161508268
93	NC_010079	GAC	2	6	3272	3277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508268
94	NC_010079	AATT	2	8	3288	3295	50 %	50 %	0 %	0 %	161508268
95	NC_010079	ATAAAT	2	12	3319	3330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010079	ATTA	2	8	3344	3351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010079	T	6	6	3367	3372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010079	AAT	2	6	3379	3384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010079	GCA	2	6	3412	3417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_010079	TAA	2	6	3474	3479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010079	TTTAAA	2	12	3496	3507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010079	A	6	6	3564	3569	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010079	A	6	6	3590	3595	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010079	AATT	2	8	3600	3607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010079	A	7	7	3656	3662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010079	AT	3	6	3669	3674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010079	ATT	2	6	3700	3705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508269
108	NC_010079	AAG	2	6	3713	3718	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508269
109	NC_010079	GTA	2	6	3721	3726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508269
110	NC_010079	ATT	2	6	3769	3774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508269
111	NC_010079	TGG	2	6	3780	3785	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508269
112	NC_010079	ATTA	2	8	3819	3826	50 %	50 %	0 %	0 %	161508269
113	NC_010079	TTCT	2	8	3909	3916	0 %	75 %	0 %	25 %	161508269
114	NC_010079	TCAT	2	8	3920	3927	25 %	50 %	0 %	25 %	161508269
115	NC_010079	ATG	2	6	3979	3984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508270
116	NC_010079	A	6	6	4203	4208	100 %	0 %	0 %	0 %	161508270
117	NC_010079	GTC	2	6	4243	4248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508270
118	NC_010079	AT	3	6	4256	4261	50 %	50 %	0 %	0 %	161508270
119	NC_010079	AGA	2	6	4292	4297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508270
120	NC_010079	CTC	2	6	4318	4323	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161508270
121	NC_010079	GAC	2	6	4330	4335	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508270
122	NC_010079	CTG	2	6	4366	4371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508270
123	NC_010079	AAT	2	6	4419	4424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508270
124	NC_010079	A	7	7	4450	4456	100 %	0 %	0 %	0 %	161508270
125	NC_010079	CAG	2	6	4485	4490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508270
126	NC_010079	AAG	2	6	4591	4596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508270
127	NC_010079	ATT	2	6	4609	4614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508270
128	NC_010079	GAA	2	6	4662	4667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508270
129	NC_010079	ATA	2	6	4687	4692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508270
130	NC_010079	GAT	2	6	4740	4745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508270
131	NC_010079	TTA	3	9	4875	4883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508270
132	NC_010079	GAT	2	6	4905	4910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508270
133	NC_010079	TTA	2	6	4926	4931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508270
134	NC_010079	ACA	2	6	5086	5091	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508271
135	NC_010079	GTAT	2	8	5158	5165	25 %	50 %	25 %	0 %	161508271
136	NC_010079	AG	4	8	5180	5187	50 %	0 %	50 %	0 %	161508271
137	NC_010079	ATA	2	6	5218	5223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508271
138	NC_010079	CAAAT	2	10	5251	5260	60 %	20 %	0 %	20 %	161508271
139	NC_010079	GTT	2	6	5265	5270	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508271
140	NC_010079	A	6	6	5335	5340	100 %	0 %	0 %	0 %	161508271
141	NC_010079	TGG	2	6	5384	5389	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508271
142	NC_010079	TGGCGG	2	12	5396	5407	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	161508271
143	NC_010079	TGG	2	6	5420	5425	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508271
144	NC_010079	TCA	2	6	5442	5447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508271
145	NC_010079	TA	3	6	5501	5506	50 %	50 %	0 %	0 %	161508271
146	NC_010079	TCA	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508271
147	NC_010079	A	6	6	5520	5525	100 %	0 %	0 %	0 %	161508271
148	NC_010079	AAG	2	6	5548	5553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508271
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150	NC_010079	AG	3	6	5658	5663	50 %	0 %	50 %	0 %	161508271
151	NC_010079	TGA	2	6	5711	5716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508271
152	NC_010079	AGA	2	6	5729	5734	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508271
153	NC_010079	ATG	2	6	5803	5808	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508271
154	NC_010079	TCA	2	6	5822	5827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508271
155	NC_010079	GAT	2	6	5835	5840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508271
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157	NC_010079	AGA	2	6	6005	6010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508271
158	NC_010079	TATC	2	8	6061	6068	25 %	50 %	0 %	25 %	161508271
159	NC_010079	ATT	2	6	6146	6151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508271
160	NC_010079	TAT	2	6	6218	6223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508271
161	NC_010079	GGC	2	6	6224	6229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161508271
162	NC_010079	TGC	2	6	6242	6247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508271
163	NC_010079	A	6	6	6249	6254	100 %	0 %	0 %	0 %	161508271
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167	NC_010079	TAGA	2	8	6466	6473	50 %	25 %	25 %	0 %	161508271
168	NC_010079	TGGA	2	8	6592	6599	25 %	25 %	50 %	0 %	161508271
169	NC_010079	TTA	2	6	6618	6623	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508271
170	NC_010079	TTC	2	6	6627	6632	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161508271
171	NC_010079	TAT	2	6	6720	6725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508271
172	NC_010079	TGAAT	2	10	6761	6770	40 %	40 %	20 %	0 %	161508271
173	NC_010079	AATG	2	8	6815	6822	50 %	25 %	25 %	0 %	161508271
174	NC_010079	ACA	2	6	6840	6845	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508271
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176	NC_010079	TGAAC	2	10	7002	7011	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
177	NC_010079	AGG	2	6	7018	7023	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
178	NC_010079	TCAA	2	8	7046	7053	50 %	25 %	0 %	25 %	161508272
179	NC_010079	TCG	2	6	7169	7174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508272
180	NC_010079	A	6	6	7224	7229	100 %	0 %	0 %	0 %	161508272
181	NC_010079	GTTATC	2	12	7324	7335	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	161508272
182	NC_010079	TTG	2	6	7339	7344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508272
183	NC_010079	ATGG	2	8	7368	7375	25 %	25 %	50 %	0 %	161508272
184	NC_010079	GCA	3	9	7383	7391	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508272
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186	NC_010079	ATG	2	6	7480	7485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508272
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188	NC_010079	TTA	2	6	7530	7535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508272
189	NC_010079	GGTA	2	8	7559	7566	25 %	25 %	50 %	0 %	161508272
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192	NC_010079	GGA	2	6	7661	7666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161508272
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196	NC_010079	TTG	2	6	7807	7812	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508272
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198	NC_010079	TCGT	2	8	7870	7877	0 %	50 %	25 %	25 %	161508272
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247	NC_010079	ATG	2	6	9610	9615	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508272
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253	NC_010079	A	6	6	9697	9702	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
254	NC_010079	TGG	2	6	9833	9838	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508273
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269	NC_010079	TCT	2	6	10551	10556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161508273
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